黄皮主要病虫害有炭疽病、煤烟病、梢腐病、蚜虫、介壳虫、潜叶蛾、红蜘蛛、白蛾蜡蝉等。其中黄皮果的梢腐病是一种较为严重的病害。
黄皮梢腐病又名，又称为黄皮死顶病。发病轻的果树轻度减产，严重时没有收成，甚至果树全部坏死，严重的病梢率达到70~90%，是黄皮的一种重要病害。
黄皮梢腐病会危害到黄皮树的树梢、叶片、枝条和果实，症状分为四个阶段：
第一阶段，黄皮果树梢受到梢腐病危害后，梢受害嫩芽变褐坏死、腐烂，顶部嫩梢转变为黑色，病部收缩呈烟头状。潮湿环境会产生大量白霉及橙红色粘孢团。
第二阶段、黄皮果树受到梢腐病危害后，叶片从叶尖、叶缘呈现症状，病部变褐且腐烂，严重时将扩展到整个叶片，病健部交界处常有深褐色的波纹。
第三阶段，枝条受害会形成褐色斑块，呈梭形隆起，中央凹陷，木栓化。
第四阶段，黄皮果受到梢腐病危害后，受害果实形成褐色病斑，呈圆形、带有水渍状，潮湿时病部会产生大量白霉，最后导致果实腐烂。
黄皮树梢腐病传播途径和发病原因有两点，第一点，菌丝体主在要病部（树梢、叶片、果实）越冬，春天外界环境条件适宜时产生大量分生孢子，借风雨传播危害，也可以靠带菌苗木进行远距离传播，扩展到新区为害。造成果实腐烂及枝条溃烂。梢腐病害常年可见，4-8月为发病高峰期，春梢发病较重。第二点，粗放管理，对于刚抽的嫩芽、嫩梢很容易感染或者树势较弱的果园很容易受到梢腐病危害。
种植黄皮树再前期一定要做好病虫害的防治工作，在黄皮果发生梢腐病时要进行防治措施，避免蔓延扩散。
首先，采用农业防治，加强果园管理，清洁果园，增强树势；防旱排渍，做好整形修剪工作，保持通风透光。结合修剪，将病枝、病果、病叶剪下并集中烧毁，减少病菌源。
其次，物理防治，采用银灰膜避蚜、黄色粘虫板对病虫害进行诱杀等。
再次，生物防治：合理选用农药及使用农药；在果园中保留覆盖白花草，保护利用天敌（如捕食螨、食螨瓢虫、草蛉、寄生菌等），采用生物农药防治病虫害。
最后，化学防治，加强果树管理，发现有病害发生，及时喷药防治，对果树增施有机肥、磷钾肥，避免过量施用氮肥，以增强果树树势；并合理修剪，提高园内通风透光性，注意果园排水，避免果园积水。
种植黄皮果，果农一定要做好病虫害的测报工作，进行防治措施，加强果园管理，避免蔓延扩散，适时用药，交替用药，加强果树管理，发现有病害发生，及时喷药防治。
